論文專著:

曾發表論文60余篇,合作出版著作4部。
出版專著:
1.《中國小麥品種演變及系譜分析》,吳新元編委,第十一章撰寫,農業出版社,2003年。
2. 《中國北方專用小麥》,吳新元副主編,氣象出版社,2003年。
3. 《中國北方春小麥》,吳新元副主編,中國農業出版社,2005年7月。
4. 《品種·環境·措施與小麥品質》編委,氣象出版社,2004年。
發表中文期刊論文:
[1]劉娜,哈力旦·依克熱木,劉聯正,周安定,吳新元,聶石輝,張新忠,曹俊梅,布熱力漢·托合提.新疆小麥主栽品種淀粉特性對馕品質的影響研究[J].農學學報,2020,10(07):24-30.
[2]曹俊梅,哈力旦·依克熱木,劉娜,劉聯正,周安定,吳新元,聶石輝,張新忠,蘆靜,布熱力漢·托合提.新疆主栽冬小麥品質特性與普通馕感官評價的關系[J].新疆農業科學,2020,57(05):840-851.
[3]曹俊梅,張新忠,范貴強,蘆靜,吳新元,周安定,劉聯正,聶石輝.新疆小麥高分子量麥谷蛋白亞基表達量及其與品質性狀相關性研究[J].中國農學通報,2020,36(11):8-14.
[4]吳剛瑞,梁曉東,李建疆,曾潮武,吳新元.奇臺縣復播蕎麥新品種引種試驗[J].農村科技,2019(04):27-30.
[5]梁曉東,吳剛瑞,李建疆,曾潮武,吳新元.不同施氮方式對復播蕎麥生長發育及產量的影響[J].農村科技,2019(03):23-26.
[6]哈力旦·依克熱木,黃天榮,周安定,高永紅,方輝,范貴強,吳新元.遮陰條件下冬小麥材料生長發育特性相關基因分子鑒定[J].新疆農業科學,2019,56(04):624-631.
[7]梁曉東,李建疆,曾潮武,吳新元,藺懷龍,吳長春,王寧山.高產早熟春小麥新品種——新春48號[J].麥類作物學報,2019,39(03):379.
[8]方輝,范貴強,高永紅,周安定,吳新元,張永強,蘆靜,黃天榮.遮陰對不同冬小麥品種籽粒灌漿及品質特性的影響[J].新疆農業科學,2018,55(09):1593-1600.
[9]方輝,范貴強,高永紅,黃天榮,吳新元,馬龍,張貴,周琰,張洋軍.高產抗病早熟小麥新品種——新冬57號[J].麥類作物學報,2018,38(07):754.
[10]范貴強,黃天榮,高永紅,方輝,吳新元,張新忠,馬龍,張貴,周琰,張洋軍.冬小麥新品種——新冬60號[J].麥類作物學報,2018,38(05):502.
[11]蘆靜,梁曉東,曾潮武,李建疆,周安定,張新忠,黃天榮,曹俊梅,高永紅,劉聯正,吳新元.新疆春小麥蛋白品質特性與淀粉糊化特性研究[J].新疆農業科學,2018,55(02):197-209.
[12]賽力汗·賽,王志敏,季良,Mukhtar Kudaibergenov,Azamat Khidirov,胡保民,王長海,薛麗華,陳興武,蘆靜,雷鈞杰,張永強,吳新元.哈薩克斯坦大豆生產、種植狀況及經濟效益研究[J].新疆農業科學,2017,54(11):2146-2156.
[13]吳新元,蘆靜,張新忠,黃天榮,李建疆,周安定,梁曉東,曹俊梅,高永紅,曾潮武.新疆小麥品質生態區劃研究[J].新疆農業科學,2017,54(08):1373-1383.
[14]曹俊梅,蘆靜,張新忠,吳新元,周安定,黃天榮,高永紅,劉聯正,范貴強,哈力旦·依克熱木,方輝.11份新疆小麥品種幼苗耐鹽性及相關形態生理特性研究[J].新疆農業科學,2017,54(08):1384-1385+1387-1393.
[15]曾潮武,李建疆,梁曉東,吳新元,藺懷龍,吳長春,馬娟,權永剛.高產優質春小麥新品種—新春43號[J].麥類作物學報,2017,37(05):713.
[16]哈力旦·依克熱木,蘆靜,周安定,曾潮武,曹俊梅,梁曉東,劉聯正,范貴強,張新忠,黃天榮,高永紅,吳新元.新疆部分小麥材料籽粒硬度基因等位變異的分子鑒定及其分布[J].新疆農業科學,2016,53(06):981-986.
[17]蘆靜,曾潮武,梁曉東,周安定,劉聯正,曹俊梅,張新忠,李建疆,黃天榮,高永紅,吳新元.部分新疆春小麥材料脂肪酸氧化酶和黃色素基因的分布規律研究[J].新疆農業科學,2015,52(11):2004-2010.
[18]曹俊梅,周安定,劉聯正,張新忠,黃天榮,高永紅,蘆靜,吳新元.基因型與環境對三種筋型小麥品質性狀的影響[J].新疆農業科學,2015,52(08):1382-1387.
[19]曹俊梅,蘆靜,周安定,劉聯正,張新忠,黃天榮,高永紅,吳新元.水分脅迫對新疆不同小麥品種幼苗生理特性的影響[J].新疆農業科學,2014,51(07):1190-1196.
[20]蘆靜,曹俊梅,周安定,劉聯正,張新忠,黃天榮,高永紅,吳新元.PEG處理下新疆冬小麥品種幼苗期生理指標的抗旱性研究[J].新疆農業科學,2014,51(03):393-402.
[21]蘆靜,曹俊梅,黃天榮,梁曉東,周安定,張新忠,李建疆,曾潮武,高永紅,吳新元.部分新疆小麥材料Lr34/Yr18及矮稈基因分布規律研究[J].新疆農業科學,2014,51(02):197-204.
[22]黃天榮,吳新元,高永紅,張新忠.小麥品種新冬40號簡介及栽培要點[J].農村科技,2012(12):54.
[23]張鑫梅,蘆靜,周安定,曹俊梅,黃天榮,高永紅,張新忠,吳新元.不同生態環境下對新疆冬小麥品種面團流變學特性的影響[J].新疆農業科學,2012,49(03):414-420.
[24]蘆靜,胡鈺,周安定,梁曉東,曹俊梅,張新忠,黃天榮,高永紅,吳新元.新疆小麥黃色素含量基因等位變異的分子檢測及其分布[J].麥類作物學報,2012,32(02):234-239.
[25]張鑫梅,蘆靜,周安定,曹俊梅,黃天榮,高永紅,張新忠,吳新元.不同緯度生態環境對新疆不同類型冬小麥品種淀粉糊化特性的影響[J].新疆農業科學,2012,49(02):197-203.
[26]蘆靜,劉娜,梁曉東,周安定,曹俊梅,張新忠,李建疆,曾潮武,黃天榮,高永紅,吳新元.部分新疆小麥材料多酚氧化酶活性基因分布規律研究[J].新疆農業科學,2012,49(01):1-8.
[27]曹俊梅,周安定,吳新元,張新忠,蘆靜,黃天榮,高永紅.不同基因型冬小麥抗旱性鑒定及相關抗旱指標分析[J].新疆農業科學,2011,48(12):2157-2164.
[28]梁曉東,賈永紅,曾潮武,吳新元,李建疆.新疆裸燕麥引進篩選及評價[J].新疆農業科學,2011,48(12):2171-2175.
[29]蘆靜,李建疆,梁曉東,吳新元,張新忠,黃天榮,高永紅,周安定,曹俊梅.新疆部分春小麥品種(系)相關品質性狀基因等位變異的分子檢測[J].新疆農業科學,2010,47(12):2333-2338.
[30]蘆靜,李建疆,葉玉香,李冬,梁曉東,周英,宋新泉,吳新元.生態因子對新疆北部不同春小麥品質類型的影響[J].新疆農業科學,2010,47(11):2128-2134.
[31]蘆靜,黃天榮,聶莉,高永紅,吳新元,張新忠,周安定,曹俊梅.小麥高分子量谷蛋白亞基及1B·1R易位系對新疆拉面品質性狀的影響[J].新疆農業科學,2010,47(10):1909-1917.
[32]吳新元.新疆優質小麥產業化進展[J].新疆農業科學,2010,47(S2):1-2.
[33]聶莉,蘆靜,黃天榮,高永紅,吳新元,張新忠,周安定,曹俊梅.部分新疆小麥材料的醇溶蛋白組成及其對品質性狀的影響[J].麥類作物學報,2010,30(04):749-754.
[34]曹俊梅,周安定,吳新元,張新忠,黃天榮,高永紅,蘆靜.鹽脅迫對新疆三個冬小麥品種發芽及幼苗期耐鹽性研究[J].新疆農業科學,2010,47(05):865-869.
[35]曹俊梅,周安定,吳新元,張新忠,蘆靜,李冬,黃天榮,高永紅.新疆近年中晚熟冬小麥新品系產量和品質性狀分析[J].新疆農業科學,2010,47(04):659-663.
[36]周安定,曹俊梅,吳新元,張新忠,蘆靜,李冬,黃天榮,高永紅.北疆冬小麥新品系豐產性和穩產性的非參數分析[J].新疆農業科學,2010,47(04):655-658.
[37]聶莉,蘆靜,吳新元,張新忠,黃天榮,周安定,曹俊梅,高永紅,李冬.新疆小麥高分子量谷蛋白亞基對其加工品質的影響[J].新疆農業科學,2010,47(03):443-448.
[38]高永紅,張新忠,黃天榮,蘆靜,李冬,曹俊梅,周安定,吳新元.新疆北部冬小麥主要品質性狀的遺傳改良潛力[J].新疆農業科學,2010,47(03):438-442.
[39]吳新元,蘆靜,李冬,王彩榮,張新忠,黃天榮,高永紅,周安定,曹俊梅.新疆不同類型冬小麥品種品質性狀的生態變異[J].新疆農業科學,2010,47(02):274-280.
[40]高永紅,黃天榮,張新忠,李冬,曹俊梅,周安定,吳慶紅,吳新元.北疆冬小麥異地選擇初探[J].新疆農業科學,2009,46(06):1279-1282.
[41]吳新元,梁曉東,李建疆.優質飼料皮燕麥品種——新燕麥2號[J].農村科技,2009(09):35.
[42]蘆靜,何中虎,夏先春,吳新元,李冬,曹俊梅.新疆小麥品種高分子量谷蛋白亞基及相關品質基因的分子標記檢測[J].作物學報,2009,35(04):647-661.
[43]黃清華,景蕊蓮,吳新元,曹連莆,昌小平,張新忠,黃天榮.普通小麥白粉病成株抗性的QTL分析[J].中國農業科學,2008(08):2528-2536.
[44]陳興武,趙奇,吳新元,雷鈞杰,賽力汗,金平,李進.小麥高產、超高產栽培技術途徑研究[J].新疆農業科學,2008(04):590-593.
[45]吳新元,張新忠,黃天榮,高永紅,李冬,周安定,曹俊梅.矮敗小麥研究進展及其在新疆的應用[J].新疆農業科學,2007(05):672-674.
[46]黃清華,曹連莆,張新忠,黃天榮,吳新元.數量性狀定位及作物抗旱性分析研究進展[J].安徽農業科學,2007(21):6386-6388.
[47]黃清華,景蕊蓮,吳新元,曹連莆,昌小平,張新忠,黃天榮.人工模擬水分脅迫條件下小麥幼苗抗旱性鑒評指標的分析[J].麥類作物學報,2007(04):661-666+670.
[48]陳興武,趙奇,吳新元,雷鈞杰,賽力汗,金平,李進.試論小麥高產、超高產栽培技術途徑[J].新疆農業科學,2007(S1):10-12.
[49]張新忠,黃天榮,吳新元,高永紅,李冬,曹俊梅,周安定.矮敗小麥輪回選擇的關鍵技術問題探討[J].新疆農業科學,2007(S1):182-183.
[50]黃天榮,張新忠,吳新元,高永紅,李冬,周安定,曹俊梅.新疆利用矮敗小麥創造特異種質資源研究進展[J].新疆農業科學,2007(S1):184-185.
[51]高永紅,石書兵,吳新元,黃天榮,張新忠,李冬,石玲.新疆冬小麥穿梭育種技術研究初報[J].新疆農業科學,2006(S1):79-81.
[52]陳興武,雷鈞杰,趙奇,賽力汗,吳新元.氮、磷肥對小麥品質的影響[J].新疆農業科學,2005(06):405-407.
[53]蘆靜,吳新元,尚宏,王子霞,海熱古力,吳振錄.新疆小麥品種配粉后對饅頭、餃子、拉面的影響[J].新疆農業科學,2004(04):233-236.
[54]于明,吳新元,張謙.面包專用粉復合改良劑研究[J].新疆農業科學,2003(06):332-336.
[55]蘆靜,吳新元,張新忠.生態環境和栽培條件對新疆小麥品質的影響及其改良途徑[J].新疆農業科學,2003(03):163-165.
[56]李建疆,蘆靜,吳新元.春小麥新品種新春10號[J].新疆農墾科技,2003(03):38.
[57]張新忠,黃天榮,蘆靜,吳新元,高永紅.新疆冬小麥品質性狀分析與評價[J].新疆農業科學,2002(05):286-289.
[58]蘆靜,張新忠,吳新元,黃天榮.小麥品質性狀與面制食品加工特性相關性研究[J].新疆農業科學,2002(05):290-292.
[59]張新忠,蘆靜,吳新元.新疆專用饅頭、拉面、餃子小麥品種品質研究[J].新疆農業科學,2002(04):220-222.
[60]黃天榮,吳新元,高永紅,張新忠,石玲.南疆冬小麥品質育種及改良方向研究[J].新疆農業科學,2002(04):225-226.
[61]黃天榮,張新忠,吳新元,高永紅,蘆靜.新疆冬小麥品質性狀的環境變異及其相關性研究[J].新疆農業大學學報,2002(02):28-32.
[62]李建疆,吳新元,柴雪芹,韓云,蘆靜,葉秀娟,何立明,邵新文,俞天勝.高產優質拉面小麥烏春1號的選育及栽培要點[J].新疆農業科學,2001(06):353-354.
[63]吳新元,蘆靜,姚翠琴,張新中.新疆主要種植小麥品種品質狀況[J].新疆農業科學,2001(03):154-156.
[64]吳新元.關于小麥生產可持續發展的思考[J].農村科技,2001(01):2.
[65]吳新元.優質蛋白玉米雜交種“新玉10號”[J].北京農業,2000(04):26.
[66]姚翠琴,蘆靜,吳新元,戚家華.新疆發展專用優質小麥的看法[J].新疆農業科學,1998(01):16-17.
[67]姚翠琴,蘆靜,吳新元.冬小麥品質性狀遺傳變異及相關分析[J].新疆農業科學,1997(03):102-104.
[68]吳新元.糧食生產高產優質高效問題探討[J].新疆農業科技,1995(01):4.
[69]劉根齊,張孔湉,林世蘭,吐爾遜,吳新元,姚翠琴,李明盛,李芝.外源DNA直接導入小麥及其在育種上的應用[J].遺傳學報,1994(06):463-467+499.
[70]吳新元,姚翠琴.大力發展新疆專用粉小麥生產[J].新疆農業科技,1994(03):4-5.
[71]林世蘭,吳新元.糧食營養保健食品的開發前景[J].新疆農業科技,1994(01):16.
[72]吳新元.麥麩的保健功能[J].新疆農業科技,1994(01):38.
[73]吳新元,黃天榮,陳黎,房振西,王新勇.高產、早熟冬小麥品種引種篩選初報[J].新疆農業科技,1993(05):26-27.
[74]吳新元,黃天榮.南疆地區冬小麥生產用種的選擇[J].新疆農業科學,1993(05):201-203.
[75]林世蘭,吐爾遜,吳新元,姚翠琴,李明盛,劉芝.非配子融合轉移外源基因改良小麥品種[J].新疆農業科學,1991(01):12-13.
[76]林世蘭,姚翠琴,吳新元.微量十二烷基硫酸鈉沉淀值法間接測定小麥面粉品質初試[J].新疆農業科學,1986(06):29-30.
會議論文:
[1]朱潔,李海濱,吳新元,陳興武,曾濤,賽力汗,王永增,劉曉晨. 糧食作物節水灌溉技術推廣應用課題研究報告[C]. .中國“三農”問題研究與探索——全國財政支農優秀論文選(2010).:中國農村財政研究會,2012:272-283.
[2]吳新元,黃仲植,陳興武,李進,季良,陳清一,武繼禮,張燕玲. 財政支持新疆糧食生產結構調整對策的研究[C]. 中國“三農”問題研究獲獎優秀論文選編(2004).2004:439-444.
[3]彎海川,吳良,陳彤,李濤,郭寶祥,吳新元. 新疆農業領域社會中介組織的培育與發展[C]. 中國“三農”問題研究獲獎優秀論文選編(2004).2004:539-553.