論文專著:

在Mol. Cell. Proteomics、EMBO、Cancer Research、Proteomics、BMC Bioinformatics等核心期刊發表論文80余篇,主編、主審專著2部、參編多部。
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發表中文論文:
1 Modular Analysis of the Probabilistic Genetic Interaction Network 侯琳; 湯超; 王霖; 錢敏平; 李棟; 朱云平; 鄧明華; 李方廷 北京大學數學科學學院; 北京大學理論生物中心; 軍事醫學科學院北京放射醫學研究所北京蛋白質組研究中心蛋白質組國家重點實驗室; California Institute for Quantitative Biosciences; University of California; San Francisco; CA 94158; Department of Bioengineering and Therapeutic Sciences; Department of Biochemistry and Biophysics; 北京大學統計科學中心; 北京大學物理學院 【會議】第四屆全國生物信息學與系統生物學學術大會論文集 2010-10-06
2 多維液相色譜及液相色譜-離子阱質譜法研究人胎肝線粒體蛋白質組 張養軍; 石蓉; 孟慶芳; 王京蘭; 蔡耘; 朱云平; 賀福初; 錢小紅 軍事醫學科學院放射醫學研究所基因組與蛋白質組研究室; 軍事醫學科學院放射醫學研究所基因組與蛋白質組研究室 【會議】中國質譜學會第七屆會員代表大會暨學術報告會論文集 2004-10-01
3 串聯質譜圖譜從頭測序算法研究進展 孫漢昌; 張紀陽; 劉輝; 張偉; 徐長明; 馬海濱; 朱云平; 謝紅衛 國防科學技術大學機電工程與自動化學院自動控制系; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所北京蛋白質組研究中心蛋白質組學國家重點實驗室 【期刊】生物化學與生物物理進展 2010-12-15
4 蛋白質質譜分析的無標記定量算法研究進展 張偉; 張紀陽; 劉輝; 孫漢昌; 徐長明; 馬海濱; 朱云平; 謝紅衛 國防科學技術大學機電工程與自動化學院自動控制系; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所北京蛋白質組研究中心蛋白質組學國家重點實驗室 【期刊】生物化學與生物物理進展 2011-06-24 15:41
5 基于馬爾科夫鏈的胰蛋白酶肽段蛋白酶切位點概率預測 劉輝; 張紀陽; 孫漢昌; 徐長明; 張偉; 馬海濱; 朱云平; 謝紅衛 國防科學技術大學機電工程與自動化學院; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所北京蛋白質組研究中心蛋白質組學國家重點實驗室 【期刊】生物物理學報 2011-06-30
6 腫瘤相關生物學通路的發現和建模 郭昊; 朱云平; 李棟; 賀福初 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所蛋白質組學國家重點實驗室北京蛋白質組研究中心 【期刊】遺傳 2011-06-27 14:26
7 分子生物學實驗技術仿真應用研究進展 劉輝; 張紀陽; 朱云平; 謝紅衛 國防科學技術大學機電工程與自動化學院; 北京蛋白質組研究中心 【期刊】系統仿真學報 2010-02-08
8 一種基于基因表達模型識別酵母細胞周期條件特異調控子網的方法(英文) 劉齊軍; 王正華; 劉萬霖; 李棟; 賀福初; 朱云平 國防科學技術大學并行與分布處理國家重點實驗室; 蛋白質組學國家重點實驗室; 北京蛋白質組研究中心; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所; 復旦大學生物醫學科學研究所 【期刊】生物化學與生物物理進展 2010-04-15
9 生物醫學命名實體識別的研究與進展 鄭強; 劉齊軍; 王正華; 朱云平 國防科學技術大學并行與分布處理國家重點實驗室; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所北京蛋白質組研究中心蛋白質組學國家重點實驗室 【期刊】計算機應用研究 2010-03-15
10 Liverbase:人類肝臟蛋白質組數據庫應用系統的研發 王雪; 劉齊軍; 朱云平 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所; 蛋白質組學國家重點實驗室; 北京蛋白質組研究中心; 國防科學技術大學; 分布與并行處理國防重點實驗室 【期刊】軍事醫學科學院院刊 2010-06-25
11 一種新的度量生物復雜網絡模塊性的方法 劉齊軍; 王正華; 郭昊; 孫漢昌; 劉萬霖; 朱云平 并行與分布處理國家重點實驗室; 蛋白質組學國家重點實驗室北京蛋白質組研究中心; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所; 國防科學技術大學機電工程與自動化學院自動控制系 【期刊】計算機工程與科學 2010-08-15
12 一種基于KEGG數據庫重構代謝網絡的新方法 周婷婷; 容健鋒; 王正華; 董蘊源; 王勇獻; 朱云平 并行與分布處理國家重點實驗室; 蛋白質組學國家重點實驗室北京蛋白質組研究中心; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所; 香港理工大學計算學系 【期刊】計算機工程與科學 2010-08-15
13 蛋白質相互作用信息的文本挖掘研究進展 李滿生; 劉齊軍; 李棟; 劉培磊; 朱云平 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所北京蛋白質組研究中心; 蛋白質組學國家重點實驗室; 國防科學技術大學計算機學院 【期刊】中國科學:生命科學 2010-09-15
14 蛋白質相互作用網絡進化分析研究進展 劉中揚; 李棟; 朱云平; 賀福初 蛋白質組學國家重點實驗室; 北京蛋白質組研究中心; 北京放射醫學研究所 【期刊】生物化學與生物物理進展 2009-01-15
15 基于穩定同位素標記與質譜分析的蛋白質定量算法研究進展 楊星; 張紀陽; 朱云平; 謝紅衛 國防科學技術大學機電工程與自動化學院; 蛋白質組學國家重點實驗室北京蛋白質組研究中心軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所 【期刊】分析化學 2009-01-15
16 轉錄因子結合位點生物信息學研究進展 侯琳; 錢敏平; 朱云平; 鄧明華 北京大學數學科學學院; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所; 北京蛋白質組研究中心; 蛋白質組學國家重點實驗室; 北京大學理論生物學中心 【期刊】遺傳 2009-04-15
17 鳥槍法蛋白質鑒定質量控制方法研究進展 李寧; 吳松鋒; 朱云平; 楊曉明 蛋白質組學國家重點實驗室北京蛋白質組研究中心; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所 【期刊】生物化學與生物物理進展 2009-06-15
18 PNmerger:一個整合生物學通路和蛋白質相互作用網絡的Cytoscape插件(英文) 孫漢昌; 李棟; 王建; 劉中揚; 朱云平; 謝紅衛; 賀福初 國防科技大學機電工程與自動化學院自動控制系; 蛋白質組學國家重點實驗室; 北京蛋白質組研究中心; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所 【期刊】生物化學與生物物理進展 2009-12-15
19 MetaGen:從KEGG建模代謝網絡的新工具(英文) 周婷婷; 容健鋒; 陳振沖; 王正華; 朱云平; 賀福初 國防科學技術大學并行與分布式處理國家重點實驗室; 蛋白質組學國家重點實驗室; 北京蛋白質組研究中心; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所; 香港理工大學計算學系 【期刊】生物化學與生物物理進展 2010-01-15
20 蛋白質組學質譜平臺肽段可檢測性預測研究進展 徐長明; 張紀陽; 劉輝; 孫漢昌; 朱云平; 謝紅衛 國防科學技術大學機電工程與自動化學院; 蛋白質組學國家重點實驗室北京蛋白質組研究中心軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所 【期刊】分析化學 2010-02-15
21 蛋白質組研究中離子阱串聯質譜數據搜庫結果解釋方法 張紀陽; 朱云平; 謝紅衛; 賀福初 國防科學技術大學機電工程與自動化學院; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所; 北京蛋白質組研究中心北京 【期刊】生物物理學報 2006-08-30
22 色譜保留時間預測模型在肽段鑒定結果驗證中的應用 張紀陽; 朱云平; 謝紅衛; 賀福初 國防科學技術大學機電工程與自動化學院; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所 長沙; 北京蛋白質組研究中心; 北京蛋白質組研究中心 【期刊】軍事醫學科學院院刊 2007-02-25
23 密碼子偏性的分析方法及相關研究進展 吳憲明; 吳松鋒; 任大明; 朱云平; 賀福初 沈陽農業大學生物科學技術學院; 北京蛋白質組研究中心; 北京蛋白質組研究中心; 北京蛋白質組研究中心 【期刊】遺傳 2007-04-30
24 蛋白質組學中新蛋白質鑒定的研究方法和策略 馬潔; 吳松鋒; 朱云平 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所; 蛋白質組學國家重點實驗室 北京蛋白質組研究中心北京; 蛋白質組學國家重點實驗室 北京蛋白質組研究中心北京 【期刊】生物化學與生物物理進展 2007-08-15
25 基于微陣列數據構建基因調控網絡 劉萬霖; 李棟; 朱云平; 賀福初 蛋白質組學國家重點實驗室北京蛋白質組研究中心北京放射醫學研究所; 蛋白質組學國家重點實驗室北京蛋白質組研究中心北京放射醫學研究所; 蛋白質組學國家重點實驗室北京蛋白質組研究中心北京放射醫學研究所 北京 【期刊】遺傳 2007-12-15
26 系統生物學研究中不同組學數據的整合 劉偉; 朱云平; 賀福初 國防科技大學機電工程與自動化學院; 蛋白質組學國家重點實驗室北京蛋白質組中心軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所; 蛋白質組學國家重點實驗室北京蛋白質組中心軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所 長沙; 蛋白質組學國家重點實驗室; 北京蛋白質組中心; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所 【期刊】中國生物化學與分子生物學報 2007-12-20
27 基因調控網絡的模塊化組織研究 王正華; 劉齊軍; 朱云平 國防科技大學并行與分布處理國家重點實驗室; 軍事醫學科學院放射醫學研究所北京蛋白質組研究中心蛋白質組學國家重點實驗室 長沙; 軍事醫學科學院放射醫學研究所北京蛋白質組研究中心蛋白質組學國家重點實驗室 【期刊】遺傳 2008-01-15
28 信號轉導網絡的生物信息學分析 劉偉; 李棟; 朱云平; 賀福初 國防科技大學機電工程與自動化學院; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所; 北京蛋白質組研究中心; 蛋白質組學國家重點實驗室 【期刊】中國科學(C輯:生命科學) 2008-11-15
29 離子阱串聯質譜儀質荷比測量誤差統計分析 張紀陽; 朱云平; 謝紅衛; 賀福初 國防科學技術大學機電工程與自動化學院; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所 長沙; 北京蛋白質組研究中心; 北京蛋白質組研究中心 【期刊】生物信息學 2008-03-15
30 一種可用于評估肽質量指紋譜數據的方法——反轉錯位數據庫 吳松鋒; 薛曉芳; 張紀陽; 應萬濤; 馬潔; 錢小紅; 朱云平; 賀福初 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所 蛋白質組學國家重點實驗室; 北京蛋白質組研究中心; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所; 蛋白質組學國家重點實驗室 【期刊】分析化學 2008-04-15
31 22周孕齡人胎肝表達序列標簽數據更新與初步分析 陳廷貴; 吳松鋒; 周鋼橋; 朱云平; 賀福初 蛋白質組學國家重點實驗室; 北京蛋白質組研究中心; 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所 【期刊】科學通報 2008-09-23
32 RPLC-SDS-PAGE整體蛋白質分離與納升毛細管液相色譜-串聯質譜聯用技術的研究及應用 張養軍; 李文瑞; 孟慶芳; 鄧新宇; 田英華; 王京蘭; 楊兵; 蔡耘; 朱云平; 賀福初; 錢小紅 軍事醫學科學院放射醫學研究所基因組與蛋白質組研究室; 軍事醫學科學院放射醫學研究所基因組與蛋白質組研究室; 軍事醫學科學院放射醫學研究所基因組與蛋白質組研究室 北京 【期刊】生命科學儀器 2005-04-30
33 一種規模化蛋白質組分離和鑒定新方法研究及其應用 張養軍; 石蓉; 孟慶芳; 王京蘭; 蔡耘; 朱云平; 賀福初; 錢小紅 軍事醫學科學院放射醫學研究所基因組與蛋白質組研究室; 軍事醫學科學院放射醫學研究所基因組與蛋白質組研究室; 軍事醫學科學院放射醫學研究所基因組與蛋白質組研究室 北京 【期刊】分析化學 2005-10-25
媒體報道:

蛋白質組研究中的“清道夫”——記北京蛋白質組研究中心朱云平研究員課題組
朱云平,北京放射醫學研究所研究員,碩士生導師,北京蛋白質組研究中心(蛋白質組學國家重點實驗室)生物信息學研究室PI。中國生物化學與分子生物學學會蛋白質組學專業委員會委員,中國醫藥生物技術協會生物醫學信息技術分會委員,研究方向為蛋白質組生物信息學及系統生物學,已在Mol. Cell. Proteomics、EMBO、Cancer Research、Proteomics、BMC Bioinformatics等核心期刊發表論文八十余篇。
承擔并完成了4項國家973、863重大項目課題及1項北京市重大基礎研究課題。在大規模蛋白質組數據質量控制、不同實驗室來源數據整合和標準建立、蛋白質組數據庫構建、蛋白質相互作用網絡分析方法研究、大規模蛋白質組數據分析策略等方面已經形成了可應用的技術體系和軟件平臺,形成的技術平臺體系、培養的人才隊伍對蛋白質組學研究起到很好的基礎支撐作用,為保證我國在國際人類肝臟蛋白質組計劃的領導地位起到了重要作用。
獲軍隊科技進步成果二等獎2項、北京科學技術一等獎1項、國家科技進步成果三等獎1項。獲軟件著作權15項。
上世紀90年代,科學家們繪制出了基因圖譜,人類對生命本質的認識達到前所未有的深度,但科學家同時也發現,基因組中絕大部分基因及功能仍然處于未知狀態,需要從蛋白質水平予以解釋。基因組決定生命體的基本形式,而蛋白質組決定生命的多樣性、復雜性及其功能。于是,繼人類基因組計劃之后,又一項重大的生命科學工程——蛋白質組計劃“破殼而出”,開啟了“全景式”揭示生命奧秘的新時代。
在對蛋白質組的研究中,有這樣一個引人矚目的群體,他們隸屬國內第一家從事蛋白質組研究的專業研究機構——北京蛋白質組研究中心。該中心位于中關村生命科學園,由軍事醫學科學院、中國科學院、中國醫學科學院、清華大學、北京大學、江中集團及北京生物技術和新醫藥產業促進中心共同創建,致力于研究和開發具有自主知識產權的蛋白質組和功能基因組平臺,致力于建設國際一流的集蛋白質組科學研究、技術創新、人才培養、成果轉化、信息交流與技術服務于一體的國家級研究中心和基地。
這是國際人類肝臟蛋白質組計劃執行總部,目前,中心已經成為我國蛋白質組學國家重點實驗室、全軍基因組學與蛋白質組學重點實驗室、“首都科技條件平臺”。
都說背靠大樹好乘涼,北京蛋白質組研究中心為他們的科研事業提供了絕無僅有的優渥條件,在這樣一顆大樹下,他們在蛋白質組學領域盡力求取知識,兢兢業業科研,將個人的理想融入蛋白質組學發展的潮流,致力于揭示研究生命科學領域的奧秘。
他們就是北京蛋白質組研究中心朱云平研究員課題組。
科研路線圖:大幅提升蛋白質組質譜數據的利用率
《分子與細胞蛋白質組學》是蛋白質組學領域全球影響力最大的專業性刊物。2009年3月,朱云平研究員領導的課題組在該刊物上發表的《鳥槍法蛋白質組研究中對鑒定肽段進行驗證的貝葉斯非參模型》一文,引起了業界的高度重視,該研究成果大幅提升了蛋白質組質譜數據的利用率。
大規模、高通量的蛋白質組研究產生了海量的數據,其中包含了大量的噪聲,而可靠的數據是進一步生物學分析的基礎。目前的分析方法均采用了過嚴的標準,這在降低假陽性的同時也人為地造成了數據較高的假陰性,導致大量數據浪費。因此,“在保證高可信度的前提下,最大限度地利用實驗數據”一直是蛋白質組學界的追求。朱云平研究員課題組基于隨機數據庫策略、非參概率密度模型和貝葉斯公式,建立了串聯質譜數據過濾的多元貝葉斯非參模型,將質譜數據的利用率提高了10%—40%,創造了目前該領域研究的最好水平。
在蛋白質組功能(網絡)研究中,課題組整合了多種蛋白質相互作用證據并進而對高通量蛋白質相互作用數據的可靠性進行了分析,發展的評估方法具有比其他方法更高的特異性和覆蓋率。發展完善了蛋白質相互作用網絡信號轉導知識挖掘的體系:首先從蛋白質相互作用網絡中發現與信號轉導有關的子網,然后在此基礎上首次進行蛋白質相互作用網絡中信號流方向的研究,并建立了一種高準確率的預測方法。該方法應用于人蛋白質相互作用網絡后,他們首次得到了一個人蛋白有向相互作用網絡,并據此推測出了大量潛在的信號通路。該有向網絡中相互作用的方向性得到了現有的信號轉導網絡數據庫的很好的支持。這項研究,不僅能夠推斷出蛋白質相互作用網絡中大量的潛在信號通路,而且從結構和功能等角度提供了對信號轉導網絡的全新理解。
生命科學宏圖:建立肝臟的綜合知識庫
肝炎是中國第一大疾病,肝癌為中國惡性腫瘤的第二號殺手。為尋找治療肝臟疾病的金鑰匙,2002年11月,當時年僅40周歲、中國科學院最年輕的賀福初院士在國際會議上提出了“人類肝臟蛋白質組計劃”,并贏得了與會代表的廣泛支持。
人類肝臟蛋白質組計劃的實施,將會發掘出一批重要的功能蛋白,發現一批全新的藥物靶標,催生一批治療藥物,為肝病預防、診療提供新策略、新技術,從而大大降低肝臟領域疾病醫療成本,提升中國和世界人民的健康水平。
目前,朱云平研究員領導的課題組關于人肝臟蛋白質組生物信息學的研究取得了初步進展。課題組建立了蛋白質表達、修飾、定位、相互作用等系列數據庫,產出了世界上規模最大、內容最豐富的人體重要組織器官-肝臟的蛋白質組數據庫,從多方面提供了系統的信息及直接的實驗證據,為全面解讀人類基因組、揭示生命信息從基因組到蛋白質組的調控規律提供了重要基礎。同時,建立了可供各質譜實驗室使用的蛋白質組數據管理、分析及展示的軟件系統ProteomeView,免費提供給學術界使用。
課題組整合肝臟相關的基因組學、肝臟轉錄組學、肝臟蛋白質組學、肝臟相關的通路及肝臟疾病等五部分生物學知識,構建了LiverAtlas數據庫——肝臟相關的生物學綜合知識庫。基于LiverAtlas數據庫中所儲存的信息進行深入的數據挖掘和分析,旨在尋找與肝臟生理和病理相關的規律。從系統生物學角度對比和分析肝癌組織與非癌肝臟組織的基因表達數據,挖掘肝癌進展與基因表達形式之間的關系,發現肝癌候選功能基因,另一方面,利用分子間的共表達關系,構建肝癌候選功能基因的相互作用網絡,發現與肝癌密切相關的分子特征,并應用這些特征數據建立肝癌預測模型,從而為早期診斷肝癌提供依據,并有助于提高對肝癌的治療水平。
在對生物學網絡的功能模塊性進行了分析之后,課題組提出了功能模塊性的度量指標體系和判定準則,給出了功能模塊的定義原則和方法,并將指標和準則應用于生物學網絡,結果發現了酵母轉錄因子調控網絡、蛋白質相互作用網絡的功能模塊性特征,并給出了多個物種的代謝網絡功能模塊性與進化之間關系。
另外,他們采用生物信息學的手段就基于代謝網絡的系統發育重建方法中代謝網絡重建和網絡間進化距離確定這兩個關鍵步驟進行了深入研究。設計了一種基于KEGG數據庫、快速可靠地重建代謝網絡的新方法;根據該方法開發了兩款針對不同研究目的的新的代謝網絡重建軟件;在分析有向網絡中酶進化保守性與拓撲重要性的關系的基礎上建立了一種新的進化距離確定模型,并借鑒信息檢索中特征項提取的研究思想進一步提出了一種新的系統發育重建模型。
在談到對生物信息學課題組本身的評價及未來幾年的規劃時,朱云平研究員說,像人類蛋白質組計劃這種大科學工程,高通量、大規模地產出海量復雜數據,從中得到可靠的核心數據集是進一步生物學分析的基礎。
其實驗室目前致力于為學術界提供可靠的、全面的、成系列的蛋白質組數據集,同時提供一系列的數據庫、分析工具和平臺,為有效地分析和利用我國及世界上的蛋白質組數據提供有力的支撐和保障。
課題組將依托蛋白質組學國家重點實驗室,整合基因組學、轉錄組學、蛋白質組學、代謝組學等數據,進行肝臟的系統生物學研究。抓住“國家蛋白質科學基礎設施”建設的契機,建立國家蛋白質組信息資源中心,建成大型蛋白質組信息學綜合服務平臺,為大科學計劃提供從全流程實驗數據、資源與項目管理、海量數據共享與計算服務到交叉領域合作,從基本數據挖掘到系統生物學分析的生物信息學全面解決方案。3-5年內著重建設肝臟綜合數據庫。
朱云平研究員說,其課題組目前就像清道夫,為生命科學的攻關掃清道路,而今后則將為成為生命科學研究的尖兵而努力。
文章來源:《科學中國人》2011年第24期